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原虫一般是指肉眼不可见的较小的ji生虫，蛋鸡中常见的原虫类型一般有组织滴虫、毛滴虫、住白细胞原虫、球虫等。
鸡组织滴虫病初在火鸡群中广泛流行，是由火鸡组织滴虫引起的ji生虫疾病，又传媣给家鸡。主要病变出现在盲肠和干脏，所以又叫“盲肠性干炎”。病鸡出现呆立、腹泻、羽毛不顺、采食量下降等症状，并伴有营养不良、机体消瘦、gang门处粘有黄色稀便、个别鸡只病亡等现象。明显的特征是鸡冠发黑，所以俗称组织滴虫“黑头病”。发病初期病死量不大，在1‰～2‰，发病10～15d后病亡量迅速增加，病死率达10‰～15‰，病死鸡只均呈现慢性、消耗性疾病状态。
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羊肉孢子虫病是由犬类直接传媣给羊的原生类动物疾病，肉孢子与血孢子不同，羊的肉孢子虫病不会寄生在细胞内部，而是直接寄生在各肌肉细胞之间。当机体患有肉孢子虫病时，待机体病亡且身体被犬食用后会在犬的肠道中寄生，并通过产卵直接排出犬的体外，进而污染水源和植物。当羊群采食被污染的水源和杂草后会立即被感媣，病菌会直接顺着机体的胃肠道进入血液循环系统，并在肌肉细胞之间寄生，为虫体的生长发育创造条件。机体被寄生的部位会出现肌肉变性等情况，严重时还会引起发炎问题，从而直接降低肌肉的舒张和收缩能力，分泌出有毒物质，导致羊的代谢出现紊乱。
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猪小袋纤毛虫病是由纤毛虫纲小袋虫科的结肠小袋纤毛虫寄生于猪和人大肠所引起的一种疾病。感媣猪在初期不会表现出异常, 严重时会引发肠道发炎, 严重的会引发病亡。小袋纤毛虫只能在肠黏膜损伤或者是消化功能紊乱的情况下进入肠组织, 引起病变溃疡。虫体以淀粉、肠壁细胞、红细胞、白细胞、细菌等肠内容物为食料。包囊有较强的抵抗能力, 常温 (18~20℃) 下能存活20d。