含氯消毒剂在处理原水时会有大量的卤代烃产生，包括三卤如以及氯代酚和等有机卤代物，已被美国国家研究所确认为致癌物质。
其次绝大多数含氯消毒剂刺激性强，气味重，腐蚀性强，一般稳定性也差。无表面活性作用：无增效。
含氯消毒剂可以用于疫源地消毒，户外环境、车辆、无人房间消毒、以及废弃物消毒。
含碘类消毒剂是以碘为主要杀菌成分制成的各种制剂。碘伏(Iodophor)－缓释型消毒剂：是碘与表面活性剂(载体)及增溶剂等形成稳定的络合物。安全、无毒、无刺激、缓释。溶于水，无需脱碘。
碘伏有非离子型、阳离子型及阴离子型三大类；其中非离子型碘伏是使用泛、安全的碘伏，尤其聚维酮碘(PVP-I)，我国及药典都已收入在内。
主要用于皮肤黏膜创口消毒、手术灭菌消毒。也可用于环境喷雾消毒。
贵的消毒剂消毒效果一定非常好吗？
答：错误。市场上能够买到的比较贵的消毒剂腐蚀性、致敏性、副作用都相对较小，与待消毒物体表面的亲和性更好，虽然消毒作用不强但已经可以满足大部分家用消毒的需求。
大部分较贵的消毒剂为复方季铵盐类消毒剂，一般家庭没有必要使用。
国家卫生和计划生育会出台相应政策，要求两类消毒产品上市前需要自行或委托第三方进行卫生安全评价，评价合格的消毒产品方可上市销售。即上市前需委托第三方检测评价机构进行卫生安全评价，出具检测报告，在《消毒产品网上备案信息服务平台》进行备案后方可上市销售。
消毒产品卫生安全评价内容包括产品标签（铭牌）、说明书、检验报告（含结论）、企业标准或质量标准、国产产品生产企业卫生许可资质、进口产品生产国（地区）允许生产销售的批文情况。其中，消毒剂、生物指示物、化学指示物、带有灭菌标识的灭菌物品包装物、抗（抑）菌制剂还包括产品配方，消毒器械还应当包括产品主要元器件、结构图。
鉴定和监测多用途消毒剂与消毒器械消毒效果时，现场或模拟现场试验的消毒对象原则上是在类似物品中达到消毒合格者，如医1疗器械消毒或灭菌选用止血钳；皮肤消毒选择人体前臂屈面皮肤；织物消毒选择棉布；一般物品表面（包括木质、塑料、橡胶、玻璃）消毒选择木质表面；餐具消毒选用竹(木)筷，不用于筷子消毒的可选用瓷质碗盘；地面消毒选择水泥地面；手消毒选择五指屈面；对于特指消毒对象而又在上述物品中不能选出有代表性物品时，则需用该特指对象进行试验。
