发酵床翻耙机在消化分解粪尿的同时，垫料也会逐步损耗，及时补充垫料是保持发酵床性能稳定的重要措施。垫料主要由木糠、稻谷壳、玉米和发酵菌组成，把垫料及菌种均匀分布到发酵槽里，然后泵入粪污水，粪污水一定要均匀喷洒，不要在一处长时间喷洒。

采用发酵床翻耙机后，由于有机垫料里含有相当活性的特殊有益微生物，能够迅速有效地降解、消化禽畜的粪尿排泄物。不需要每天清扫畜禽住所，于是没有任何冲洗圈舍的污水，从而没有任何废弃物排出养殖场，真正达到养殖零排放的目的。